J.H.Holwerda.
De Leidse lector J.H.Holwerda heeft in de eerste decennia van de vorige eeuw een aantal toen zeer aansprekende archeologische opgravingen verricht. In de tijd dat de archeologie als wetenschap nog niet bestond heeft Holwerda in zijn enthousiasme bij zijn opgravingen enkele voorbarige en soms zeer verregaande conclusies getrokken, uit wel zeer summiere vondsten. Veel van de "conclusies" van Holwerda zijn sindsdien weerlegd. Maar zijn bevindingen spelen de huidige tradities nog steeds parten en worden nog wel eens als volle waarheid verkocht. Ook al verwierp men de bevindingen van Holwerda, men bleef zijn standpunten volgen.

Arentsburg.
In de jaren 1908 tot 1915 heeft J.H.Holwerda te Arentsburg opgravingen verricht. Hij meende er de van de Peutingerkaart bekende Romeinse plaats Praetorium Agrippinae gevonden te hebben. Zijn zienswijze wordt heden door niemand meer gevolgd, maar staat symbolisch voor zijn manier van werken en interpreteren (vanuit de geschiedenis naar de archeologie) en het tot stand komen van de Nederlandse traditionele "zekerheden".

Leiden.
De kunstmatige heuvel van de Leidse Burcht werd in 1924 door Holwerda uit de Romeinse periode gedateerd. Volgens Byvanck (o.c. p.419) kan deze niet uit deze periode dateren, aangezien er geen enkele aanwijzing is dat er te Leiden ooit een Romeinse nederzetting is geweest.

Romeins marskamp.
Op de Ermelosche heide meende Holwerda een Romeins marskamp te hebben ontdekt. Echter zijn bevindingen zijn steeds onderhevig geweest aan discussie. De details van Holwerda's plattegrond zijn door latere opgravingen niet bevestigd. De aard en datering van dit kamp zijn echter bijzonder onzeker (Van Es, o.c. p. 122). Het militaire karakter van het 'kamp' staat niet vast. Zou het geen inheemse nederzetting kunnen zijn? , schrijft Van Es (o.c. p. 278, noot 339).

Nijmegen.
Het archeologisch onderzoek in Nijmegen is gestart door de archeoloog J.H. Holwerda, wiens interesse werd gewekt door enkele Romeinse oudheden die gevonden waren. Hij groef in de periode 1914 tot 1921 een aantal smalle sleuven. Holwerda kende de Historiae van Tacitus, die zegt dat Oppidum Batavorum door Julius Civilis in 69 n.C. in brand gestoken. Hij verbindt zijn vondsten met dit verhaal en meent het Oppidum Batavorum en zelfs het huis van Julius Civilis gevonden te hebben.
Tegenwoordig zijn nieuwe methoden ontwikkeld, die een vrij nauwkeurige datering mogelijk maken. Wat Holwerda voor een Bataafse vluchtburcht heeft aangezien, is niets anders geweest dan een middeleeuwse versterking.
Dr. J.H.W.Willems (oud directeur van de ROB) betoogde bij opgravingen op de Kopse Hof in Nijmegen: "We hebben op dit ogenblik (1989) zo'n 9000 m2 van 'Holwerda's Oppidum Batavorum (1)' opgegraven, maar zoals eigenlijk wel te verwachten was: we hebben het niet gevonden. Alles wat we tot toe hebben gevonden wijst erop dat het tussen 12 vóór en 70 n.Chr. op het Kops plateau een komen en gaan van Romeinse legeronderdelen is geweest. En als er hier al Bataven zijn geweest dan hoorden die dààrbij!"
Hoewel Holwerda's conclusie dus verre van juist bleek, worden zijn vondsten nog steeds als bewijsmateriaal gezien voor de passages die Tacitus schreef over het Oppidum Batavorum.

Koepelgraf op de Veluwe.
De bewering van Holwerda dat hij in Nijmegen het Oppidum Batavorum had gevonden, wordt, hoewel dat door latere archeologen is tegengesproken, door velen nog steeds als de volle waarheid beschouwd. Holwerda die het allemaal zo goed bedoelde, maar er oh zo vaak naast zat, staat nog steeds te boek als een deskundig archeoloog. Zijn bevindingen worden nog te vaak als volle waarheid beschouwd met alle foutieve gevolgen vandien. Een van de populairste, door middel van schoolboeken verbreide denkbeelden van Holwerda is dat van het koepelgraf uit de prehistorie. Dit idee werd tijdens de onderzoekingen op de Veluwe aan het begin van zijn carrière ontwikkeld. Hoewel weerlegt door Van Giffen, steekt het koepelgraf van Holwerda, dat geen koepelgraf bleek te zijn, nog steeds te pas en te onpas de kop op. Een eenmaal gevestigde mythe blijkt zelfs hardhandig niet te bestrijden.

Wijk bij Duurstede.
Dezelfde dr.Holwerda stuitte in de jaren 20 van de vorige eeuw bij opgravingen naar Dorestad (!) bij Wijk bij Duurstede op de resten van houten huizen, een haven en resten van een kasteel: een vesting die door complete verdedigingswerken was omgeven, zoals een gracht, een verdedigingsmuur van houten palen en bastions. Ook met de datering van deze vondsten bleek erg suggestief om te zijn gegaan: met 13e eeuws bleek de datering dichter bij de waarheid dan de zo gewenste 7e of 8e eeuw.

Onzorgvuldige werkwijzen.
De onzorgvuldige werkwijze van Holwerda (directeur van de Rijksmuseum van Oudheden van 1919 tot 1939) heeft de historie geen goed gedaan en de mythen slechts versterkt. Zijn opgravingstechnieken waren verre van volmaakt en ook zijn interpretatie van vondsten was verkeerd: vanuit de als waarheid aanvaarde geschiedenis, die dus fout blijkt te zijn, ging hij de vondsten verklaren. Hij had zich als museumdirecteur en historicus niet op het pad van de archeologie moeten begeven. Het meest kwalijke van zijn "interpretatie" van talrijke vondsten is, dat het kwaad eenmaal geschied was toen zijn bevindingen herroepen werden. Deze eenmaal verkeerde conclusies blijken een eigen en niet te weerleggen leven te zijn gaan leiden. En zoals wel vaker, blijkt een eenmaal gemaakte fout, in de geschiedenis niet meer te herstellen. Bij elke opmerking over Bataafs Nijmegen komt het onderzoek van Holwerda weer als waarheid op tafel, ook al is nu meerdere keren aangetoond dat het fout was.

Het is dan ook niet echt verrassend dat in 1932 voor een archeologisch symposium de Groninger A.E. van Giffen door de minister verkozen werd boven de Leidse lector J.H. Holwerda, daar "de beteekenis van Dr. van Giffen als wetenschappelijk praehistoricus die van Dr. Holwerda overtreft", zoals in het advies aan de minister te lezen stond.