Lange tijd werd aangenomen dat de Sint-Walburgkerk de oudste stenen kerk van Groningen was. Daarbij werd een verband gelegd tussen Walburga, die als schutspatrones tegen de Vikingen bekend stond en de bescherming die de kerk de inwoners van de stad bood. In 1921 schreef C.H. Peters nog dat de kerk uit de tiende eeuw stamde en het oudste stenen gebouw in de stad was. Albert van Giffen die in de jaren vijftig onderzoek naar de ligging van de kerk heeft gedaan, dateerde de bouw op de periode 1046-1054. Recenteronderzoek, met name naar de resten van een eerdere houten kerk ter plaatse uit het laatste kwart van de 11e eeuw, wijzen echter op een latere bouw.
Tegenwoordig wordt aangenomen dat de kerk is gebouwd als bisschoppelijke kapel op grond van de bisschop van Utrecht. De bouw zou hebben plaatsgevonden tussen 1100 en 1112. Opdrachtgever zou bisschop Burchard geweest zijn. Bewijzen hiervoor ontbreken echter.