Met ingang van 2 februari 1874 werd hij - 26 jaar oud - benoemd tot archivaris der gemeente Utrecht, wat hij tot 1918 zou blijven.

Enkele werken.
Muller Fz., S., Regesten van het arehief der bisschoppen van Utrecht. Muller Fz., S., en A.C. Bouman, Oorkondenboek van het Sticht Utrecht, I (65 - 1197 ) , ’s-Gravenhage 1920 - 1921. Het Oudste Cartularium van het Sticht, ed. S.Muller-Bouman, Den Haag, 1892.

Het is niet bekend, of de afschriften genomen zijn van de originelen of van een vorig afschrift. Muller neigt naar het laatste; hij verwerpt de mogelijkheid, dat de afschriften gemaakt zouden zijn naar in Utrecht berustende originelen. De verschillen tussen de Egmondse en de Utrechtse dokumentatie wijzen er zelfs op, dat Egmond een geheel andere informatiebron heeft gebruikt dan Utrecht.

Enige afschriften van de oorkonde plaatsen het klooster "intra muros Traiecto castro": binnen de muren van Trajectum. Muller heeft echter gelezen: "infra muros": beneden, onder of buiten de muren. Stond in het handgeschreven origineel een -t- of een -f-?

Volgens Muller dateert de Egmondse codex van circa 1100; een door hem geraadpleegde Duitse deskundige schatte hem einde 11e, wellicht 12e eeuw. Een Brise deskundige hield het positief op de 12e eeuw.

Het cartularium van Radboud. dat wil zeggen, het in Egmond gemaakte afschrift (?) daarvan, is niet vervaardigd naar de Utrechtse originelen, evenmin naar mogelijk in Utrecht berustend afschriften, want de compilator van het eerste Liber donationum van de Dom neemt het Cartularium van Egmond over. Dit blijkt niet alleen hieruit, dat hij het gehele cartularium in afschrift overneemt, wat nog altijd uit een andere bron afkomstig zou kunnen zijn, maar op een afdoende wijze uit het feit, dat in het cartularium van Egmond nummer 5 precies dezelfde oorkonde is als nummer 3, welke onbegrijpelijke dubbele opname ook in het Liber donationum voorkomt. De Utrechtse compilator heeft het Egmondse cartularium klakkeloos overgeschreven.
Dit toont afdoend, de onjuistheid der veronderstelling van Muller aan, dat Egmond zijn bronnen in Utrecht gevonden heeft.